Ο κατά κόσμον Ηρόδοτος Δημητρίου γεννήθηκε στις 10 Απριλίου του 1941 στο χωριό Τάλα της Πάφου. Αμέσως μετά την πρωτοβάθμια εκπαίδευση έγινε δόκιμος μοναχός στην Ιερά Μονή Αγίου Νεοφύτου και στη συνέχεια φοίτησε στο Γυμνάσιο Πάφου. Αποφοίτησε από το γυμνάσιο το 1963 και στις 3 Νοεμβρίου του ίδιου έτους χειροτονήθηκε διάκονος. Το 1968 ξεκίνησε τις σπουδές του στη Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, από όπου αποφοίτησε το 1972. Στις 19 Οκτωβρίου του ίδιου έτους εξελέγη ομόφωνα ηγούμενος της Μονής Αγίου Νεοφύτου, χειροτονήθηκε πρεσβύτερος και εγκαθιδρύθηκε ως ηγούμενος στις 12 Νοεμβρίου από τον Αρχιεπίσκοπο Μακάριο Γ΄.
Στις 25 Φεβρουαρίου του 1978 εξελέγη δια βοής Μητροπολίτης Πάφου, Υπέρτιμος και Έξαρχος Αρσινόης και Ρωμαίων. Μετά από μακροχρόνια, μη αναστρέψιμη ασθένεια του Αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου Α΄, συνήλθε Διευρυμένη Σύνοδος υπό τον Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο στο Σαμπεζύ της Γενεύης το Μάιο του 2006, η οποία κήρυξε τον Αρχιεπισκοπικό Θρόνο της Κύπρου σε χηρεία.  

   Έτσι, ξεκίνησαν οι διαδικασίες εκλογής νέου Αρχιεπισκόπου, οι οποίες ολοκληρώθηκαν στις 5 Νοεμβρίου του ίδιου έτους με την εκλογή του Χρυσοστόμου Β΄. 
Η ενθρόνισή του έγινε στις 13 Νοεμβρίου.
Η τελετή της ενθρόνισης έγινε με μεγαλοπρέπεια στον Καθεδρικό Ναό του Αγίου Ιωάννη Λευκωσίας, ο οποίος είναι κτίσμα του 17ου αιώνα. Κατά την τελετή της ενθρόνισης ο πρεσβύτερος των Κυπρίων Ιεραρχών, Μητροπολίτης Κιτίου Χρυσόστομος παρέδωσε στον νέο Αρχιεπίσκοπο τα αυτοκρατορικά προνόμια, τα οποία παραχωρήθηκαν το 478 μ.Χ. από τον αυτοκράτορα του Βυζαντίου Ζήνωνα στον εκάστοτε Αρχιεπίσκοπο Κύπρου: Να υπογράφει με κιννάβαρι (κόκκινο μελάνι), να φέρει στις ακολουθίες πορφυρούν μανδύα και να κρατεί, αντί της επισκοπικής ράβδου, αυτοκρατορικό σκήπτρο. 
Στο μέσον του ναού ο νέος Προκαθήμενος της Κυπριακής Εκκλησίας παρέλαβε το σκήπτρο του αειμνήστου Αρχιεπισκόπου Σωφρονίου Γ’ , κειμήλιο του 1867, και φόρεσε το μανδύα του αειμνήστου Αρχιεπισκόπου και προέδρου της Κυπριακής Δημοκρατίας Μακαρίου Γ΄, ενώ επί του στήθους του τοποθετήθηκε το εγκόλπιο, επίσης του Μακαρίου του Γ’. Πλήθος κλήρου και λαού επεφήμησε τον νέο Αρχιεπίσκοπο με θερμά χειροκροτήματα και αναφωνώντας «Άξιος- Άξιος».
Στην ήταν παρών ο πρόεδρος της Κυπριακής Δημοκρατίας Τάσσος Παπαδόπουλος, ο πρόεδρος της Βουλής Δημήτρης Χριστόφιας, οι αρχηγοί των πολιτικών κομμάτων, υπουργοί, ο πρέσβης της Ελλάδος Δημήτριος Ράλλης και άλλοι επίσημοι της Κυπριακής Δημοκρατίας.

   Τον Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο εκπροσώπησαν ο Αρχιεπίσκοπος Θυατείρων Γρηγόριος και ο Μητροπολίτης Σασίμων Γεννάδιος. Εκ μέρους της Εκκλησίας της Ελλάδος παρέστη ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών Χριστόδουλος επικεφαλής αντιπροσωπείας Μητροπολίτων. Παρέστησαν επίσης εκπρόσωποι όλων των Ορθοδόξων Πατριαρχείων και των Αυτοκεφάλων Εκκλησιών. Τον Πάπα Βενέδικτο το 16ο εκπροσώπησε ο Καρδινάλιος Φραντζέσκο Μαρσιάνο. Παρέστησαν επίσης εκπρόσωποι άλλων θρησκευτικών δογμάτων.
Ενθρονιστήριος Λόγος 
Στον Ενθρονιστήριο Λόγο του ο Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος έκανε εκτενή αναφορά στο άλυτο κυπριακό πρόβλημα και διαβεβαίωσε τον κυπριακό λαό ότι «η Εκκλησία μακριά από σωβινισμούς και ηρωικές μωρίες, αλλά και μακριά από αδικαιολόγητη δειλία και ηττοπάθεια, θα παραμείνει στις επάλξεις των εθνικών αγώνων μέχρι την αποχώρηση των τουρκικών στρατευμάτων και των εποίκων, μέχρι την απελευθέρωση της πατρίδας μας και την επικράτηση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων για όλο τον γηγενή πληθυσμό της». Απευθύνθηκε επίσης στους Τουρκοκυπρίους τονίζοντας: «Δεν μας χωρίζει τίποτε με τους Τουρκοκύπριους συμπατριώτες μας. Ζήσαμε ειρηνικά μαζί τους για χρόνια πολλά. Ούτε και μας ενοχλεί η φωνή του μουεζίνη». 
Ο Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος με την ομιλία του περιέγραψε τις βασικές γραμμές της διακονίας του και του τρόπου με τον οποίο θα διοικήσει την Εκκλησία της Κύπρου. Τόνισε ότι πρώτιστο μέλημά του θα είναι η πνευματική προκοπή και η εν Χριστώ σωτηρία του ποιμνίου του και διαβεβαίωσε ότι η Εκκλησία θα συμπαρασταθεί ιδιαίτερα στους νέους για την αντιμετώπιση των ποικίλων προβλημάτων τους. «Η Αρχιεπισκοπή δεν είναι φρούριο απόρθητο, εντός του οποίου θα εγκλεισθεί ο Αρχιεπίσκοπος», είπε ο κ. Χρυσόστομος απευθυνόμενος στον ιερό κλήρο και το λαό και τόνισε ότι «η Αρχιεπισκοπή θα είναι το κατ’  εξοχήν σπίτι σας, στο οποίο ελεύθερα θα μπορείτε να προσέρχεστε». 
Δεσμεύτηκε ότι θα προσπαθήσει να βάλει τάξη στα οικονομικά της Ιεράς Αρχιεπισκοπής και γενικότερα στα ζητήματα της εκκλησιαστικής περιουσίας. «Δεν δικαιούται κανένας να εκμεταλλεύεται προς ίδιο όφελος, ή να οικειοποιείται, ή να υπεξαιρεί την εκκλησιαστική περιουσία», υπογράμμισε εμφαντικά. 
Επίσης, ο κ. Χρυσόστομος εξήγγειλε την αναθεώρηση του Καταστατικού Χάρτη της Εκκλησίας της Κύπρου και την ίδρυση νέων Μητροπόλεων, ώστε να διευρυνθεί από τα σημερινά εννέα μέλη της η Ιερά Σύνοδος και να γίνει και πάλι, όπως συνέβαινε μέχρι τον 13ο μ.Χ. αιώνα «πλήρης Σύνοδος Αυτοκεφάλου Εκκλησίας». 

   Έκανε ειδική αναφορά στα θέματα της παιδείας και δήλωσε ότι δεν κρύβει την ανησυχία του «για τις φωνές, που ακούονται στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής μεταρρύθμισης για απεξάρτηση από το ελληνικό εκπαιδευτικό πρότυπο και την Ελλάδα». 
Υπογράμμισε ότι «η καλλιέργεια και ανάπτυξη της οικείας ταυτότητας δεν σημαίνει εθνικισμό, ούτε και εθνικό ναρκισσισμό, αλλά καλλιέργεια των αξιών της παράδοσης, στέρεη γνώση της ιστορίας και γενικά αυτογνωσία». Ταυτόχρονα όμως επεσήμανε ότι «απολυτοποίηση του έθνους οδηγεί σε εθνικισμό και απολυτοποίηση της οικουμένης οδηγεί σε ισοπεδωτισμό». 
Στην τελετή της ενθρόνισης διαβάστηκε από τον Αρχιεπίσκοπο Θυατείρων χαιρετισμός του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου προς τον νέο Αρχιεπίσκοπο Κύπρου. Ο Οικουμενικός Πατριάρχης χαρακτήρισε τον κ. Χρυσόστομο «άνδρα πηδαλιούχον αντάξιον της ιστορίας της Εκκλησίας της Κύπρου» και τόνισε ότι η Κυπριακή Εκκλησία αποτελεί «προκεχωρημένη έπαλξη της στρατευομένης Εκκλησίας». Ο Οικουμενικός Πατριάρχης δια του εκπροσώπου του πρόσφερε ως δώρο στον νέο Αρχιεπίσκοπο Κύπρου μια ασημένια ποιμαντορική ράβδο. 
Ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών Χριστόδουλος, στην προσφώνησή του, ανέφερε ότι οι Έλληνες, ως αδελφοί, πάντα παρακολουθούν τα όσα συμβαίνουν στην Κύπρο και τις δοκιμασίες, τις οποίες υπομένει εδώ και δεκαετίες ο κυπριακός λαός. Απευθυνόμενος στο νέο Αρχιεπίσκοπο, του είπε ότι καλείται να συνεχίσει τη μακραίωνη παράδοση, που θέλει την Εκκλησία της Κύπρου στην πρωτοπορία των πνευματικών, κοινωνικών και εθνικών αγώνων. Χαρακτήρισε τον κ. Χρυσόστομο «άνδρα υψηλών προδιαγραφών με μαχητικότητα, αδέκαστη κρίση και εθνική ευαισθησία» και εξέφρασε τη βεβαιότητα ότι η Εκκλησία της Κύπρου, της οποίας θα προΐσταται, θα ανταποκριθεί στις ανάγκες της σύγχρονης εποχής.