Τα σπαράγματα ψηφιδωτών της Παναγίας Κανακαριάς από την Λυθράγκωμη , προέρχονται από την παλαιότερη ψηφιδωτή παράσταση και χρονολογούνται στα χρόνια της βασιλείας του αυτοκράτορα Ιουστινιανού και συγκεκριμένα γύρω στο 525-530...

Μια μικρή εγκαυστική (κηρόχυτη) εικόνα του 9ου αιώνα (μια από τις αρχαιότερες  που σώζονται στην Κύπρο), απεικονίζει  την Παναγία δεόμενη στον τύπο της Βλαχερνίτισσας   και παρουσιάζει στοιχεία από τα νεκρικά πορτραίτα του Φαγιούμ...

 Οι νέες τάσεις της ζωγραφικής που κυριαρχούν στην τέχνη της Κωνσταντινούπολης μεταλαμπαδεύονται αυτούσιες στην περιφέρεια της αυτοκρατορίας. Ο μεταλλικός σταυρός από το ναό του Αγίου Γεωργίου στο Γούρρι που χρονολογείται το 10ο - 11ο αιώνα μαρτυρεί τις επιδράσεις των εργαστηρίων της Πρωτεύουσας.

Οι   εικόνες   του   Αγίου  Νικολάου  της  Στέγης   με   δωρητές από την ομώνυμη εκκλησία  στην Κακοπετριά και της Ένθρονης Παναγίας με δωρητές από τον ναό του Αγίου Κασσιανού μαρτυρούν την ύπαρξη στην Κύπρο μικτών εργαστηρίων που ζωγράφιζαν εικόνες τόσο για Ορθόδοξους, όσο και για Καθολικούς.

Ο μεγάλος αριθμός εικόνων της εποχής αυτής που βρίσκονται στους χώρους του Μουσείου επιτρέπει στους επισκέπτες και στους ερευνητές να αναλύσουν τις διάφορες τάσεις της Κυπριακής μεταβυζαντινής ζωγραφικής, μιας τέχνης που αναπτύσσεται παράλληλα με την Κρητική Σχολή.

Εικόνες από την πρώτη πεντηκονταετία της τουρκικής κατάκτησης, όπως ο Άγιος Γεώργιος του 1599 από την εκκλησία του Αγίου Κασσιανού καθώς επίσης ο Σταυρός με τα Λυπηρά αγνώστου προελεύσεως και το επιστύλιο της Παλλουριώτισσας παρουσιάζουν μια συνέχεια της μεταβυζαντινής ζωγραφικής της βενετοκρατίας.

Με την εισβολή του 1974 πεντακόσιες και πλέον εκκλησίες συλήθηκαν, εκλάπησαν 15-20 χιλιάδες εικόνες, δεκάδες τοιχογραφίες καθώς και ψηφιδωτά τεμαχίστηκαν και πωλήθηκαν στο εξωτερικό, ενώ άλλα έχουν καταστραφεί ολοσχερώς, όπως π.χ η ψηφιδωτή παράσταση στο ναό της Παναγίας Κυράς κοντά στο χωριό Λειβάδια Αμμοχώστου.