Ιδιαίτερη θέση στη συλλογή κατέχουν τα επτά σπαράγματα ψηφιδωτών του 6ου αιώνα από την αψίδα του ναού της Παναγίας Κανακαριάς στη Λυθράγκωμη, τα τριάντα έξι σπαράγματα τοιχογραφιών του τέλους του 15ου αιώνα από το ναό του Χριστού Αντιφωνητή στην Καλογραία, καθώς και εικόνες από διάφορες κατεχόμενες εκκλησίες, που επανακτήθηκαν μετά από δικαστικούς αγώνες ή δωρεές από το εξωτερικό και μαρτυρούν τη βάναυση καταστροφή της πολιτιστικής  μας κληρονομιάς από Τούρκους αρχαιοκάπηλους στο κατεχόμενο από τα τουρκικά στρατεύματα τμήμα της Κύπρου.

  Η πρώτη αίθουσα του Βυζαντινού Μουσείου εγκαινιάστηκε στις 18 Ιανουαρίου 1982 από τον Αρχιεπίσκοπο Χρυσόστομο Α’  και τον τότε πρόεδρο της Κυπριακής Δημοκρατίας Σπύρο Κυπριανού, ενώ έξι χρόνια αργότερα το Βυζαντινό Μουσείο, με την προσθήκη της νέας πτέρυγας, πήρε τη σημερινή του μορφή.  Από τότε εμπλουτίζεται συνεχώς με την απόκτηση νέων εκθεμάτων και τον επαναπατρισμό έργων, που Τούεκοι αρχαιοκάπηλοι εξήγαγαν παράνομα από τις κατεχόμενες από τα τουρκικά στρατεύματα περιοχές της Κύπρου.

  Ο  επισκέπτης του Βυζαντινού Μουσείου έχει τη δυνατότητα να περιδιαβάσει τα τελευταία χίλια πεντακόσια χρόνια ιστορίας του τόπου, μέσα από την τέχνη της παλαιοχριστιανικής περιόδου (4ος αι.-649 μ.χ.), την περίοδο των αραβικών επιδρομών (649 – 965μ.χ.), της Μέσης Βυζαντινής περιόδου (965 – 1191 μ.χ.), της Φραγκοκρατίας (1191 – 1489 μ.χ.), της Βενετοκρατίας  (1489 – 1571 μ.χ.) και της Τουρκοκρατίας (1571 -1878 μ.χ.).