Με την κατάληψη της Κύπρου από τους Οθωμανούς το 1570 αποκαθίσταται η Εκκλησία της Κύπρου με την χειροτονία του Τιμόθεου, ως πρώτου αρχιεπισκόπου Κύπρου το 1572. Το γενικό κλίμα ανασφάλειας και οι εσωτερικές αναταραχές που επικράτησαν τα πρώτα χρόνια της τουρκοκρατίας και η μετανάστευση πολλών ζωγράφων της Κύπρου, όπως του Ιωάννη Κύπριου που ζωγραφίζει στον Άγιο Γεώργιο της Βενετίας, φαίνεται πως δεν επηρέασαν σοβαρά την συνέχεια της μεταβυζαντινής ζωγραφικής.
Εικόνες από την πρώτη πεντηκονταετία της τουρκικής κατάκτησης, όπως ο Άγιος Γεώργιος του 1599 από την εκκλησία του Αγίου Κασσιανού καθώς επίσης ο Σταυρός με τα Λυπηρά αγνώστου προελεύσεως και το επιστύλιο της Παλλουριώτισσας παρουσιάζουν μια συνέχεια της μεταβυζαντινής ζωγραφικής της βενετοκρατίας. 
 Κατά τον 17ο αιώνα αρχίζει να διαμορφώνεται η ζωγραφική της Κύπρου με έντονες επιδράσεις της ανατολικής παράδοσης, αφού πλέον οι καλλιτέχνες αποκομμένοι από την Βενετία και την Κρήτη μαθητεύουν στην γειτονική Μικρά Ασία. Τα έργα αυτά χαρακτηρίζονται από σχεδιαστικές αδυναμίες και αδεξιότητα, θαμπά χρώματα και έντονη σχηματοποίηση. Στην ενδυματολογία χρησιμοποιούν δάνεια από την τέχνη της Δύσης, όπως το φυτικό διάκοσμο πολυτελών βενετικών υφασμάτων αποτυπώνουν τις δυσκολίες και το αρνητικό καλλιτεχνικό περιβάλλον που υπάρχει στο νησί κατά την τουρκοκρατία 
  Ο ζωγράφος Παύλος που υπογράφει ως «ιερογράφος», ο παραγωγικότερος της εποχής αυτής, παρουσιάζει στα έργα του μελαγχολικές μορφές με μεγάλα στρογγυλά μάτια, έντονα περιγράμματα και σκούρους προπλασμούς όπως στο ενυπόγραφο Βημόθυρο από τη Μονή του Προφήτη Ηλία στον Λυθροδόντα χρονολογημένο το 1659, που απεικονίζει στο δεξί θυρόφυλλο δωρητή σε στάση δέησης. 
 Στις αρχές του 18ου αιώνα διαμορφώνεται η σχολή του Αγίου Ηρακλειδίου  που κινείται χρονικά μέχρι τις πρώτες δεκαετίες του 19ου αιώνα. Η σχολή αυτή που απαρτίζεται κυρίως από ιερωμένους και μοναχούς χαρακτηρίζεται από την ευαισθησία της στα κοινωνικά, πολιτικά και οικονομικά προβλήματα, τα οποία καθρεφτίζει στα αποστεωμένα και ταλαιπωρημένα πρόσωπα των εικονιζόμενων. Οι καστανοί σκούροι προπλασμοί με τους γλυκασμούς που γράφονται με μικρές παράλληλες πινελιές, η λεπτή πινελιά, τα απαλά αρμονικά χρώματα, οι γεωμετρικές πτυχώσεις των ενδυμάτων, τα σκληρά φυσιογνωμικά χαρακτηριστικά και τα αδύναμα, σχεδόν άσαρκα, σώματα των μορφών, η λιτότητα και  απλότητα στην απόδοση είναι τα κύρια χαρακτηριστικά της σχολής αυτής. Χαρακτηριστικά έργα της σχολής είναι η Ακατάφλεκτος (sic) Βάτος από την εκκλησία του Αρχαγγέλου Μιχαήλ Τρυπιώτη, ενυπόγραφο έργο του ιερομονάχου Νεκταρίου και τα δύο σπαράγματα τοιχογραφιών από την εκκλησία της Παναγίας Χρυσαλινιώτισσας.